Em 1972 foi feito prisioneiro político e como naquela altura José Carlos fazia parte do exército português, sua situação era muito grave e podia ter sido morto se não fosse a intervenção do Amílcar Cabral levando ao conhecimento internacional a prisão de José Carlos e seus camaradas. prisioneiro político permaneceu nas prisões da PIDE/DGS e djiu de galinha de 18 de maio de 1972 a 29 de abril de 1974, na maior parte desse tempo de cativeiro no
isolamento total.
Em 1974, Portugal reconheceu o estado soberano da Guiné-Bissau. José Carlos e o Cobiana desempenhavam várias tarefas ditadas pelo partido, entre elas a receção e o acolhimento dos dirigentes nas diferentes áreas do país, tanto para o sul como para o leste e o norte quando havia dificuldades no relacionamento entre os representantes dos dois lados (isto é, do exército e administração colonial e dos combatentes vitoriosos ou quando se temia uma eventual sublevação ou resistência da parte dos antigos agentes das forças coloniais. para evitar conflitos José Carlos e o Cobiana eram enviados a essas cidades e enquanto animavam bailes e se dançava animadamente, os novos dirigentes iam - se instalando.
O conteúdo das canções transmitia mensagens que empolgavam as pessoas levando-as a identificarem-se se com a nova situação. A mensagem do partido era assim transmitida, a simples presença de José Carlos Schwarz, cuja fama já era imensa servia de fator de mobilização das pessoas.
Em 1974 foi nomeado ao cargo de diretor do departamento de arte e cultura do então comissariado da juventude e desportos e também foi nomeado responsável pelo departamento da cultura, desporto e recreação da comissão política da JAAC.
Em janeiro de 1977, José Carlos foi enviado para cuba no cargo de
encarregado de negócios levando com ele a esposa e os dois filhos
respetivamente de 5 anos e o outro de 5 meses.
Em abril de 1977 voltou para Bissau resolver problemas inerentes à
nossa situação financeira porque nenhuma transferência tinha sido feita a partir de Bissau como tinha sido prometido pelo então Comissariado dos Negócios Estrangeiros. Foi no regresso a cuba vindo de Bissau que José Carlos faleceu no acidente de avião no momento da aterragem em havana, a 27 de maio 1977.
